Della cappella della Madonna delle Grazie, che si trova entrando sulla destra, inglobata alla base della torre campanaria al tempo della sua riedificazione (1673-75), non restano che le modanature a rilievo all'interno della stessa, da dove parte la scala lapidea stretta e ripida, che porta all'organo e alla stanza delle funzioni di chiusura del campanile, e il gruppo scultoreo policromato della Madonna in trono col Bambino allattante e Angeli, che, fu spostato dal membro altare e venne incassato nella nuova parete di parete, prima campata destra della navata, e inquadrato in una cornice dorata in legno che ne taglia la base. Questo, qualche anno fa, per sistemare l'impianto di riscaldamento, fu spostato più in alto e fissato più saldamente.
Tutto il gruppo scultoreo ha un impianto piramidale: su un ampio scanno, dai braccioli terminanti a volute e con decorazioni incise sui frontali, siede la Vergine, leggermemente girata verso l'interno della Chiesa mentre allatta il Bambino Gesù, che siede ignudo sulla sua gamba destra.
Là tenuto dalle una tunica rossa fitte pieghettature, stretto ai fianchi, ed un ampio manto azzurro, stretto sul petto dai lembi superiori annodati, con relativo cappuccio tirato sulla testa.
Al disopra della Vergine si trovano due gruppi sovrapposti di angeli in piedi, anch'essi ignudi. I primi due poggiano sui braccioli del trono e sorreggono un cartiglio, a forma di arco, con una formula osannante; gli altri due sostengono, al vertice, una corona regale.
L'opera è sicuramente attribuibile a Stefano da Putignano, come evidenziano la struttura dell'impianto, lo stile di incidere e di comporre le pieghe delle vesti, e la ancor timida espressione lauranesca del volto, pieno di luce e di grazia.
Il modo di annodare il manto sul petto, poi, aggiungere qualche anno dopo nel gruppo della «Vergine Immacolata con Bambino e committente» della Chiesa Madre di Polignano a Mare, ce ne dà conferma. Essa si può far risalire agli anni intorno al 1500, come una delle prime esperienze, artisticamente valida, di una lunga riproduzione dello stesso tema esteso in Puglia e fuori.